硒缺乏会引起牲畜类动物疾病。硒缺乏造成硒蛋白质酵素活性下降。若硒以外之营养状况良好,硒缺乏仅造成轻微的临床症状。若伴有营养不良、化学药物、感染等压力,则会动物会出现严重病症。例如:硒缺乏加上维生素 E缺乏可导致大鼠与猪的之脂质过氧化与肝脏坏死,使猪、牛、羊的心脏损伤。在受感染的小鼠体内,硒缺乏可导致非致病性的coxsackie B3病毒转变为具致病性的病毒,而造成小鼠的心肌炎。
含硒氨基酸和无机态硒都会在组织中进行代谢。从饮食而来的甲硒胺酸其利用情形和甲硫胺酸相似,可储存在氨基酸代谢池中,玻璃硒粉,用于合成蛋白质,也可代谢成硒半胱氨酸和硒胱胺酸。
硒胺酸可以从饮食中直接得到,或是经由甲硒胺酸代谢而来。硒半胱氨酸经由β-硒半胱氨酸裂解酶作用之后产生游离态硒。游离态硒可以从谷胱甘肽(GSH)得到氢,然后生成硒化物(selenide)。硒化物有两个代谢途径,硒粉,其一是经过甲基化作用后借由尿液排出体外,或是形成硒代磷酸盐(selenophosphate),这是体内重要含硒酵素的前驱物,例如5'-脱碘酶(5'-deiodinase)或榖胱甘肽过氧化酶(glutathione peroxidase)。